В ответ на вашу первую часть вопроса: да, можно вызвать лямбда-функцию из основного приложения .net - вы можете сделать это напрямую с помощью .net sdk или через вызовы REST с помощью api-шлюза aws(при условии, что вы сначала настроили шлюз api-gateway для лямбда-связи).
Существует ли какая-либо конфигурация пользователя или роли при вызове лямбды, если это возможно?
Iне понимаю эту часть вопроса: но вам нужно будет использовать некоторые учетные данные aws для вызова лямбды из основного приложения .net, и эти учетные данные должны иметь достаточные права для выполнения вызова.