Когда вы программно создаете VC, вам не нужно загружать его с идентификатором, который вам нужен только
let first = FirstVC()
// в AppDelegate
didFinishLaunchingWithOptions
, предполагается, что вы используете
self.window?.rootViewController = UINavigationController(rootViewController: first)
затем внутри первого
let second = SecondVC()
self.navigationcontroller?.pushViewController(second,animated:true)