Я пытаюсь ответить на основании вашего описания.Если вы обнаружите какие-либо проблемы, пожалуйста, загрузите определенный код и структуру вашей схемы.
var ObjectId = require('mongoose').Types.ObjectId;
Team.update(
{ },
{ $pull: { members: { _id: new ObjectId(id) } } }, // Here , id is variable where your userid is stored
{ multi: true }
)
Надеюсь, это поможет вам.