Я пытаюсь запустить контроль качества новых данных метилирования чипа Illumina EPIC с помощью пакетов meffil.Я использовал его ранее с Illumina 450k, а затем использовал следующую команду:
qc.parameters <- meffil.qc.parameters(beadnum.samples.threshold = 0.1,
detectionp.samples.threshold = 0.1,
detectionp.cpgs.threshold = 0.1,
beadnum.cpgs.threshold = 0.1,
sex.outlier.sd = 5,
snp.concordance.threshold = 0.95,
sample.genotype.concordance.threshold = 0.8)
qc.summary <- meffil.qc.summary(qc.objects, parameters = qc.parameters, genotypes=genotypes)
Но для 450K у меня был файл генотипа.Для чипа EPIC у меня есть только файлы .idat.Кто-нибудь знает, как назвать генотипы из чипа EPIC?