Похоже, что это единственный скрипт, который вы, возможно, захотите запускать после обновления БД, верно?
Если это так, вы можете включить его в свой «скрипт обновления БД»
Если вы используете что-то наподобие капистрано, вы тоже можете включить его.
Во всех случаях, если вы не хотите прикасаться к оболочке, я согласен, что наличие контроллера для вызова кода консоли (или любого php-файла, выполняющего exec (), как упомянуто ранее), сработает.
Кроме того, если вы хотите запустить его только один раз и запланировать его - не забудьте, что у вас есть команда at (вместо cron), которая запустит ее в эту запланированную дату (см. http://linux.about.com/library/cmd/blcmdl1_at.htm)
Надеюсь, это поможет,
Приветствия
p.s: если это консольная оболочка, и вы не хотите запускать ее из консоли, просто не делайте ее консольной оболочкой.