Если вы пытаетесь использовать какую-то SOA, лучше всего использовать веб-сервис для вашего серверного приложения и получать к нему доступ из веб-приложения ASP.net. Это лучший способ сделать.
Однако я не очень понимаю, какова цель "сервера"? Разве ваш сайт ASP.net - как вы говорите - не может быть вашим интерфейсом серверного приложения? Тогда вашим «сервером» будет просто уровень бизнеса и данных, и вам не нужно будет использовать удаленное взаимодействие или WCF.