Spring выбирает свойства конфигурации не только из application.properties, но и из аргументов командной строки, системных свойств JAVA или переменных среды.
См. Полный список здесь: Внешняя конфигурация Spring .
Итак, для справки, вы можете сохранить свойства в файле application.properties с некоторыми значениями по умолчанию (как в вашем примере), чтобы другие пользователи знали, какие свойства они могут установитьваше приложение.
Но вместо того, чтобы устанавливать там свои реальные значения, вы можете либо передать переменную своему приложению в качестве аргументов, например
-Dspring.datasource.username=user -Dspring.datasource.password= pass
, либо установить их как переменные среды.
Вы даже можете создать несколько конфигураций с разными настройками.Если Spring не может найти переменную в текущей конфигурации, он выберет ее из application.properties (или из других источников - см. Выше)