EMF использует пустой конструктор по умолчанию для десериализации, поэтому не добавляйте ничего в конструкторы сгенерированных классов.Обычно имеется вспомогательный класс (или служба или любой другой шаблон проектирования, который вы используете), который вызывает фабричные методы и выполняет некоторую инициализацию в создаваемых ими экземплярах.