Как добавить письмо в поле с помощью AWK

Question

У меня есть файл gtf со строками 100K, и я хочу просто добавить букву «m» в свое первое поле:

chr1    HAVANA  gene    3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; level 2; havana_gene "OTTMUSG00000049935.1";
chr1    HAVANA  transcript      3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; transcript_type "TEC"; tr
chr1    HAVANA  exon    3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; transcript_type "TEC"; transcript
chr1    ENSEMBL gene    3102016 3102125 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000064842.1"; gene_type "snRNA"; gene_name "Gm26206"; level 3;
chr1    ENSEMBL transcript      3102016 3102125 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000064842.1"; transcript_id "ENSMUST00000082908.1"; gene_type "snRNA"; gene_name "Gm26206"; transcript_type "snRNA"; tran
chr1    ENSEMBL exon    3102016 3102125 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000064842.1"; transcript_id "ENSMUST00000082908.1"; gene_type "snRNA"; gene_name "Gm26206"; transcript_type "snRNA"; transcript_n
chr1    HAVANA  gene    3205901 3671498 .       -       .       gene_id "ENSMUSG00000051951.5"; gene_type "protein_coding"; gene_name "Xkr4"; level 2; havana_gene "OTTMUSG00000026353.2";

Желаемый результат будет:

mchr1    HAVANA  gene    3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; level 2; havana_gene "OTTMUSG00000049935.1";
mchr1    HAVANA  transcript      3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; transcript_type "TEC"; tr
mchr1    HAVANA  exon    3073253 3074322 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_type "TEC"; gene_name "4933401J01Rik"; transcript_type "TEC"; transcript
mchr1    ENSEMBL gene    3102016 3102125 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000064842.1"; gene_type "snRNA"; gene_name "Gm26206"; level 3;
mchr1    ENSEMBL transcript      3102016 3102125 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000064842.1"; transcript_id "ENSMUST00000082908.1"; gene_type "snRNA"; gene_name "Gm26206"; transcript_type "snRNA"; tran
mchr1    ENSEMBL exon    3102016 3102125 .       +       .       gene_id "ENSMUSG00000064842.1"; transcript_id "ENSMUST00000082908.1"; gene_type "snRNA"; gene_name "Gm26206"; transcript_type "snRNA"; transcript_n
mchr1    HAVANA  gene    3205901 3671498 .       -       .       gene_id "ENSMUSG00000051951.5"; gene_type "protein_coding"; gene_name "Xkr4"; level 2; havana_gene "OTTMUSG00000026353.2";

Answer 1

Эта вещь лучше с sed:

sed -e 's/^/m/' file

Добавьте -i, чтобы изменить на месте.(-i '' для macos)

Используя awk, можете сделать это так:

awk 'sub(/^/,"m")' file

Answer 2

Добавление сюда еще 1 способа, где нет редактирования или добавления символа в строку.

awk '{print "m"$0}' Input_file

Answer 3

Вы можете использовать awk, чтобы добавить букву в начало строки.Здесь $0 означает весь ряд.

echo "hey there" |awk '{$0="m"$0}1'
mhey there

или sed: здесь ^ обозначает начало строки.Если вы хотите напрямую отразить изменения в файле, используйте флаг -i или -i.bak с командой sed.

echo "hey there" |sed 's/^/m/'
mhey there