Если у вас есть автономный экземпляр NiFi и вы хотите сохранить свои скрипты в файловой системе, я второй ответ Даггетта.Если у вас есть кластер NiFi, вам нужно было бы сделать скрипт доступным в этом месте для каждого узла в кластере, что может быть неудобно для поддержки.
В качестве альтернативы вы можете сохранить фактическое тело скрипта всам процессор (в свойстве Script Body), но любые обновления скрипта должны выполняться там, а не на дисковой версии.Так что есть компромисс: ремонтопригодность.