Я не могу устранить приведенную ниже ошибку после того, как уже рассмотрел виньетки и поиск по форумам.
Я предпринимаю многосессионный анализ с использованием пакета secr в R (разработанного Мюрреем Эффордом).
Когда я запускаю эту модель
fit_age0 <- secr.fit(bothCH, mask = mask, detectfn = 2, trace = F, hcov = 'age')
Я получаю эту ошибку
Ошибка в FUN (X [[i]], ...): смешанные модели не работают, когдапервый детектор не используется в первый день.
Код, использованный для создания соответствующего файла Capthist, приведен ниже.Я бы уменьшил это еще больше, если бы знал, в чем заключается конкретная проблема.Пожалуйста, дайте мне знать, если есть дополнительная информация, необходимая для ответа на этот вопрос.
library(secr)
library(RColorBrewer)
library(sp)
library(rgdal)
library(GISTools)
library(raster)
library(readxl)
#--------------------
###Input files and create capthist####
captfile <- "captfile_both.xlsx"
trapfile <- "trapfile_both.csv"
suggest.buffer(bothCH)
#########
#276 395#
#########
# quick and biased estimate of sigma (metres)
initialsigma_both <- RPSV(bothCH, CC = TRUE)
initialsigma_both
##############
#$`OUT` #
#[1] 85.34081#
# #
#$IN #
#[1] 118.8134#
##############
buffer <- 800
bothCH <- read.capthist(captfile = captfile, trapfile = trapfile,
skip = 1, detector = "proximity",
covnames = c("age"))
bothCH <- split(bothCH, grepl('IN',rownames(traps(bothCH))), bytrap = TRUE)
# drop last 2 occasions for OUT (no cameras working)
bothCH[[1]] <- subset(bothCH[[1]], occasions=1:78)
usage(traps(bothCH[[1]])) <- usage(traps(bothCH[[1]]))[,1:78]
#### Clear repeat observations
bothCH <- reduce(bothCH, dropunused = FALSE)
verify(bothCH)
session(bothCH) <- c('OUT',"IN")
Ниже приведены примеры расположения файлов trap-файлов и файлов capt.
file trapsформат
формат файла Capt
Заранее благодарим за любые советы, так как я действительно изо всех сил пытаюсь завершить этот анализ.
Полный файл capt (фиктивные данные)
Полный файл trap (фактические данные)