Ну, если вы имеете в виду, что 2 каталога находятся на одном компьютере, но не на одном диске, вам понадобится печатная копия.
Если вам нужно только выполнить резервное копирование из локального рабочего каталога CVS в каталог резервного копирования, вам понадобится инструмент однонаправленной синхронизации. Rsync является одним из них и прост в использовании. AFAI помню что-то простое, как rsync dir_from dir_to
воля к уловке.
Если вы имеете в виду, что хотите иметь возможность изменять любой из этих двух рабочих папок и хотите время от времени объединять эти два каталога, вам понадобится инструмент двунаправленной синхронизации: Unison - один из них. Я думаю, что это довольно сложно настроить для опции слияния, но это стоит затрат. См. страницу википедии для сравнения инструментов синхронизации