Вы должны использовать параметр aggfunc, чтобы определить функцию агрегирования.
Чтобы получить любое значение (например, если оно уникально):
df.pivot_table(index=['DATE','COUNTRY'],columns='METRIC',values='VALUE',dropna=True, aggfunc='first').reset_index()
Чтобы объединить все строки:
df.pivot_table(index=['DATE','COUNTRY'],columns='METRIC',values='VALUE',dropna=True, aggfunc=lambda x: ', '.join(x)).reset_index()