Алгоритм, который я пытаюсь запустить, написан на Perl, фактически, когда я выполняю удаленную команду SSH через JSCH, профиль пользователя, используемый для запуска команды, не загружается, поэтому переменные среды также не загружаются.
Решение состоит в том, чтобы загрузить профиль, когда я запускаю команду, например:
bash -l -c 'AlgoName -m /tmp/input1.txt -f /tmp/input2.txt > /tmp/output.txt'