Вам нужно скрыть модальный режим, дождаться завершения анимации и затем прокрутить до элемента.
При желании вы можете анимировать прокрутку с помощью $('html,body').animate({scrollTop: $('#Content').offset().top)});
function onContentClick(e) {
e.preventDefault();
$('#myModal').one('hidden.bs.modal', () =>
window.scrollTo(0, $('#Content').offset().top));
$('#myModal').modal('hide');
}
#Content {
height: 400px;
margin-top: 1000px;
background: red;
}
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>
<script src="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.7/js/bootstrap.min.js"></script>
<link href="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.7/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet"/>
<button type="button" class="btn btn-info btn-lg" data-toggle="modal" data-target="#myModal">Open Modal</button>
<!-- Modal -->
<div id="myModal" class="modal fade" role="dialog">
<div class="modal-dialog">
<!-- Modal content-->
<div class="modal-content">
<div class="modal-header">
<button type="button" class="close" data-dismiss="modal">×</button>
<h4 class="modal-title">Modal Header</h4>
</div>
<div class="modal-body">
<a href="#Content" onClick="onContentClick(event)">The Content</a>
</div>
<div class="modal-footer">
<button type="button" class="btn btn-default" data-dismiss="modal">Close</button>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="Content">
The Content
</div>