Так ли сторонние системы или приложения могут подключаться к репо без входа в систему?
Нет.Приложения будут входить в систему с использованием этих ключей SSH, но не с логином или паролем.
Есть ли в этом какие-либо дополнительные преимущества безопасности?
Да.Вам не нужно оставлять свой пароль на устройствах, которые вам не принадлежат, если вам нужно поработать над ними.Вы можете использовать различные ключи для разных устройств или приложений, поэтому, если вам нужно отозвать доступ с вашего рабочего компьютера, но продолжать использовать репо с домашним ПК, ноутбуком и другими устройствами, вы можете удалить только тот ключ SSH, который использовался на работе.Смена пароля не требуется, в отличие от ситуации, когда используется логин и пароль.