Я предполагаю, что вы используете os.system("command")
для выполнения ваших скриптов. Этот метод только выполняет команду и дает вам возвращаемое значение программы, а НЕ это стандартный вывод. Вам нужен модуль подпроцесс . Например:
import subprocess
proc = subprocess.Popen(['command', 'option 1', 'option 2'], stdout=subprocess.PIPE)
output = proc.communicate()[0] #for stdout. Use proc.communicate[1] for stderr
При просмотре вашего комментария ваше решение простое:
subprocess.Popen('command option 1 option 2', shell=True)
Примечание: команда должна быть передана в виде строки. Последовательность не работает.