1) Согласно стандарту Иерархия файловых систем
4.11.3.Определенные параметры
Следующие каталоги или символические ссылки на каталоги должны быть в / usr / share, если установлена соответствующая подсистема:
Описание каталога
...
doc Разная документация (необязательно)
2) Я бы сказал, вы можете добавить к цели установки команду для копирования doxygen в префикс / usr / share / doc
Кроме того, сначала в директории сборки также есть doxygen, кажется нормальным ИМХО.
3) Обычно с дистрибутивом есть менеджер пакетов, который выможет создать пакет документов, поэтому пользователю, который хочет, чтобы «предыдущий» документ просто нуждался в получении документа пакета с той же ревизией, что и в двоичном пакете ...
примечание: в Archlinux документ поставляется вместе с библиотекой, в Debianкак у вас есть package-doc, то же самое для homebrew IIRC
примечание: вы также можете настроить doxygen, чтобы сгенерированное сообщение об ошибке могло быть проанализировано вашим ide (например, QtCreator), как обычная ошибка gcc, чтобы вы могли увидеть их вжурнал ошибок на каждой сборке.