ваш путь должен выглядеть следующим образом, используйте ~ знак для сопоставления пути к серверу
<link href="~/App_Themes/StyleSheet.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Edit:
В файле web.config, куда вы помещаете правило перезаписи URL, поместите правило для файлов js и css, например
<add name="indexJS" virtualUrl="^~/(.*)/(.*)/(.*).js" rewriteUrlParameter="ExcludeFromClientQueryString" destinationUrl="~/js/$3.js" ignoreCase="true" />
Примечание:
Правило не совсем, я реализовал разные DLL, вы можете изменить свой соответственно