Да, вам нужно знать только идентификатор рабочей области.Используйте следующую конечную точку:
PUT /workspaces/{workspaceId}/timeEntries/endStarted
со следующим телом:
{ end: "2018-10-16T10:54:39.883Z" }
Это должно быть задокументировано в следующей редакции документации API.