Если вы устанавливаете одно значение без пробела, это не имеет значения. Однако предположим, что у вас есть:
commandline.createArgument().setLine("x y");
, что эквивалентно:
commandline.createArgument().setValue("x");
commandline.createArgument().setValue("y");
тогда
commandline.createArgument().setValue("x y");
будет делать соответствующие кавычки (я полагаю), чтобы вызываемая программа воспринимала это как один аргумент командной строки.
Самый простой способ проверить это - создать приложение, которое просто выводит свои аргументы, по одному на строку, и пробовать оба способа:)