Во-первых, myrepo/.git/hooks/ - это не папка, которая когда-либо выдвигается по соображениям безопасности.
Последняя проблема безопасности CVE-2018-11235 git RCE - хорошая иллюстрация: вы неНе требуется, чтобы исполняемый файл запускался автоматически при клонировании вашего репо.
То же самое для файла .git/config: конфигурация пользователя остается локальной.
Во-вторых, вы должны изменять файлы в локальном репо, а нев вашей локальной папке репозитория .git.git status расскажет вам, что изменилось: git add, git commit и git push .