Как вы измеряете задержку?Я очень удивлен, узнав, что вы получаете 100 мс задержки с «Динамо» от хоста EC2.По моему опыту, DynamoDB дает довольно стабильную задержку в низких десятках миллисекунд: 10-20 мс в 99-м процентиле и 10 мс в 90-м процентиле довольно типичны.Средняя задержка (p50) еще ниже, так как большинство или запросы выполняются за 4-5 мс.
Конечно, длительность запросов зависит также от объема данных, которые вы перемещаете.Например, написание больших элементов может занять больше времени, чем простое обновление меньшего элемента.
Если вы все же хотите сконфигурировать конечную точку VPC для DynamoDB, это вполне возможно, и вы можете сделать это, используя команду aws ec2 create-vpc-endpoint какпоказано в следующем руководстве:
https://docs.aws.amazon.com/amazondynamodb/latest/developerguide/vpc-endpoints-dynamodb.html
Примечание В вашем вопросе вы также спрашиваете о RDS.Хотя RDS не предлагает конечные точки VPC в качестве службы, экземпляр RDS уже находится в вашем VPC, поэтому говорить о конечной точке VPC для баз данных RDS не имеет смысла.Вы можете просто создать экземпляр и даже не предоставлять ему доступ в Интернет.Запросы к базам данных RDS будут просто проходить через маршрутизатор VPC, прямо к конечной точке экземпляра RDS, все в пределах VPC.