Чтобы использовать другую папку для сборки CLion
В меню CLion:
Build,Execution,Deployment -> Cmake -> Generation Path
Измените значение на нужный путь к папке.
Чтобы включить исходный код из другой папки из текущей
В свой файл CMakeLists.txt добавьте подкаталог, например:
add_subdirectory(<PATH_OF_YOUR_ANOTHER_CMAKE_PROJECT>)
Будьте в курсе PATH_OF_YOUR_ANOTHER_CMAKE_PROJECT
может находиться в любом месте на вашем компьютере, который не обязательно должен находиться в папке вашего текущего проекта или в одной из подпапок.