Dask Groupby без объединения разделов - PullRequest
Новая
       9

Dask Groupby без объединения разделов

0 голосов
/ 13 июня 2018

У меня есть набор данных, для которого я хочу выполнить простую операцию группировки / подсчета, и я, кажется, не могу сделать это с помощью dask.

Скорее всего, я не понимаю, какГруппировка / уменьшение выполняется в режиме dask, особенно когда индекс находится в ключе группировки.Итак, я проиллюстрирую мою проблему с игрушечными данными.

Итак, сначала я создаю фрейм данных с 3 столбцами. 

import pandas as pd
import numpy as np

np.random.seed(0)
df = pd.DataFrame(
    {"A": np.random.randint(6, size=20),
     "B": np.random.randint(6, size=20),
     "C": np.random.rand(20)}
 )
 df = df.set_index("A")

Итак, у меня есть фрейм данных с индексом и 2 столбцами.В пандах я бы сделал: 

result = df.groupby(["A", "B"]).C.count().reset_index().set_index("A")

В конце я захочу сохранить результат в паркетных файлах.

Теперь давайте перейдем к делу, я могу выполнять в основном те же операции: 

import dask.dataframe as dd
ddf = dd.from_pandas(df, npartitions=4)
result = ddf.groupby(["A", "B"]).C.count().reset_index().set_index("A")

Вызов compute приводит к тому же результату.Однако при проверке графика я нахожу:

График вычислений для GroupBy / Count

Мы видим, что все сводится к одному разделу.Я могу понять, что это более или менее необходимо, когда данные, которые нужно сгруппировать, распределяются по разным разделам или когда число фактических ключей группировки невелико.

Но в моем случае индекс находится в разделе, поэтому я хотел быожидать полностью параллельный график.Кроме того, количество ключей группировки имеет тот же порядок величины, что и количество начальных строк (деленное на коэффициент 2 или 3).

Как и тот, который получен с помощью этого кода: 

result = ddf.map_partitions(
     lambda x: x.groupby(
         [x.index, x.B]
     ).C.count().reset_index().set_index("A")
)

, который дает следующий график: График параллельных вычислений

Так есть ли способ получить этот параллельный граф с обычными групповыми / уменьшающими функциями dask?

Это очень важно, когда количество группирующих ключей очень велико.

...