когда вы используете статистическую функцию в своем запросе, в этом случае вам нужно добавить все столбцы выбора в группе, кроме агрегированного столбца
select TM.Tranaction_Slno,Container_Number,count(TM.CFS_Id), Container_Size,CFM.CFS_Name,
TD.Container_Size as Size,
Read_Time,gate,Location from Transaction_Master TM
inner join Transaction_Data TD on TD.Tranaction_Slno = TM.Tranaction_Slno
inner join Transaction_Track TT on TT.Transaction_Slno = TM.Tranaction_Slno
inner join CFSMaster CFM on TM.CFS_ID = CFM.CFS_Id
where CFM.CreatedOn='2015-12-02 02:06:30.000'
group by CFM.CFS_Name,TM.Tranaction_Slno,Container_Number,Container_Size,
TD.Container_Size,Read_Time,gate,Location