Вам просто нужно импортировать json в нейронную сеть и продолжить обучение:
const net = new brain.NeuralNetwork();
net.fromJSON(json);
net.train(trainingData, trainingOptions);
Эта функция устарела, потому что мы хотим сохранить только те параметры, которые нам абсолютно необходимы, чтобы API было таким простым, каквозможно и на основе импорта json the net может определить, что вы собираетесь делать дальше.