Плагин Android Apollo действительно зависит от плагина Android Gradle.Поэтому, если ваши сгенерированные классы находятся в модуле java-library, вы не сможете их импортировать.
Предполагая, что вы поместили свои запросы в GraphQL в модуль Android, убедитесь, что вы создали такую же структуру каталоговв качестве структуры каталогов исходного кода вашего модуля в /graphql
Например, если ваша структура каталогов модулей выглядит следующим образом
src/main/java/com/example/
Затем создайте структуру каталогов graphql следующим образом.
src/main/graphql/com/example/
После этого очистите, перестройте и попробуйте снова импортировать классы.