Вы можете использовать молчание:
:silent %s/x/y/g
или, если вам нужно выполнить манипуляции со строками, чтобы определить строки для поиска и замены:
exec ":silent %s/x/" . varName . "/g"
Я не уверен на 100%, но думаю, что silent
работает только в сценариях.