Не идеальное решение, но обходной путь будет следующим. В Visual Studio перейдите в свойства файла .dbml и очистите свойство Custom Tool
. Это предотвратит запуск автогенератора для DBML и создание файлов конструктора. Конечно, дальнейшие изменения в DBML не будут отражены в файле конструктора.
Что касается того, почему он генерирует несколько дизайнерских файлов, это странно. Чтобы вручную связать файл с другим, вам нужно изменить файл проекта. Посмотрите на строку, как
<Compile Include="file.designer.cs" />
и измените его на
<Compile Include="file.designer.cs">
<DependentUpon>file.dbml</DependentUpon>
</Compile>