Это больше выбор передовых технологий. Ни Flash, ни JS не могут самостоятельно хранить изображения на стороне клиента. Оба будут вести себя как клиенты RPC, посылая запросы на выполнение сервера.
Выбор Flash или JS зависит от ваших потребностей (Flash допускает больше манипуляций, чем JS) и навыков.