Извлеките лучшие параметры из объекта cva.glmnet - PullRequest
0 голосов
/ 21 февраля 2019

Я уверен, что есть элегантный способ извлечь лучшую альфу и лямбду после запуска cva.glmnet, но почему-то я не могу его найти.

Вот код, который я использую в настоящее время.

Спасибо

library(data.table);library(glmnetUtils);library(useful)

# make some dummy data

data(iris)

x <- useful::build.x(data = iris,formula = Sepal.Length ~ .)
y <- iris$Sepal.Length

# run cv for alpha in c(0,0.5,1)

output.of.cva.glmnet <- cva.glmnet(x=x,y=y,alpha = c(0,0.5,1))

# extract the best parameters

number.of.alphas.tested <- length(output.of.cva.glmnet$alpha)

cv.glmnet.dt <- data.table()

for (i in 1:number.of.alphas.tested){
  glmnet.model <- output.of.cva.glmnet$modlist[[i]]
  min.mse <-  min(glmnet.model$cvm)
  min.lambda <- glmnet.model$lambda.min
  alpha.value <- output.of.cva.glmnet$alpha[i]
  new.cv.glmnet.dt <- data.table(alpha=alpha.value,min_mse=min.mse,min_lambda=min.lambda)
  cv.glmnet.dt <- rbind(cv.glmnet.dt,new.cv.glmnet.dt)
}

best.params <- cv.glmnet.dt[which.min(cv.glmnet.dt$min_mse)]

enter image description here

...