С помощью небольшой хитрости вы можете скрыть свой поток от любого отладчика или таких инструментов, как процессный хакер.
void func()
{
}
int main()
{
int(__stdcall* ZwCreateThreadEx)(HANDLE, ACCESS_MASK, POBJECT_ATTRIBUTES, HANDLE, PVOID, PVOID, ULONG, ULONG_PTR, SIZE_T, SIZE_T, PVOID) = (decltype(ZwCreateThreadEx))GetProcAddress(GetModuleHandle("ntdll.dll"),"ZwCreateThreadEx");
HANDLE hThread=0;
ZwCreateThreadEx(&hThread,0x1FFFFF,0,GetCurrentProcess(),
(LPTHREAD_START_ROUTINE)func,0, 0x4/*hide flag*/,0,0x1000,0x10000,0);
return 0;
}