Я думаю, что это возможно только с обходным путем, то есть поставить несколько пустых узлов (если я понял ваш запрос):
library(DiagrammeR)
grViz("
digraph boxes_and_circles {
# avoid distortion
graph [nodesep = 1, layout = circo]
node [shape = box,
fontname = Helvetica]
a;b;c
#invisible nodes
node [shape = circle,
fixedsize = true,
width = 0.9,
color = white,
fontcolor = white]
da;db;dc
# define the labels
edge [color = red, arrowhead = normal]
da -> a [label = 'a']
db -> b [label = 'b']
dc -> c [label = 'c']
edge [color = black, arrowhead = normal]
a -> {b c}
b -> {a c}
c -> {a b}
}
")