В Java (и на любом другом языке программирования, способном создавать файлы) вы можете создавать файлы любого типа.
Существуют библиотеки для создания и управления, по крайней мере:
и все наиболее используемые форматы.
Но вы можете создать свой формат, читаемый человеком (например, txt) или двоичный (например, xls).
Практически нет ограниченийна этом.