Исходя из вашего описания наличия апплета, я не вижу другого выбора, кроме как включить файл jar в тег апплета, так как апплет работает на стороне клиента.
Вы можете установить заголовки кэша HTTP для файлов JAR, чтобы позволить клиентскому браузеру их кэшировать, поэтому вы платите только за загрузку только один раз.
Для часто меняющихся jar-файлов включите номер версии в имя jar-файла, чтобы избежать проблем кэширования на стороне клиента с одноименными, но содержательно разными jar-файлами.
Редактировать: Хотя вопрос в том, как tomcat обнаруживает банки, я думаю, что основная причина проблемы в другом.
В Tomcat 6 на стороне сервера Tomcat ищет в ваших файлах jar каталоги $ TOMCAT_HOME / lib и WEB-INF / lib. Если вы добавляете или удаляете файлы там, вам обычно нужно перезапустить весь экземпляр Tomcat.
Edit2:
Ваш опыт поиска файла jar может быть вызван тем, что вы запускаете HTML-страницу из того же каталога, где находится ваше веб-приложение, или у вас есть файл JAR в общем месте или в общем пути к классам (например, в JRE / lib / ext каталог).