Теперь у меня есть решение: это было похоже на то, что предложил @ Michał Walenciak.Вы должны проверить разрешения на вызов cmake.
Прежде всего, мне пришлось настроить вызов cmake на
cmake -DCMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local/opt/Qt/5.10.0/gcc_64
-DProtobuf_INCLUDE_DIR=/usr/local/include
-DProtobuf_LIBRARY=/usr/local/lib/libprotobuf.so ../code
Кроме того, jenkins выполняет этот вызов bash с помощью "jenkins"пользователь, принадлежащий к группе "Дженкинс".Для правильного чтения файлов protobuf необходимо изменить пользователя и группу указанных каталогов include и lib следующим образом:
$ sudo chown -R jenkins:jenkins /usr/local/include
$ sudo chown -R jenkins:jenkins /usr/local/lib
Надеюсь, это поможет, по крайней мере, в моем случае.Благодаря Михалу.