Всегда лучше использовать последнюю версию для скорости и безопасности.
Но сначала вы должны проверить версию PHP своего сервера, потому что последняя версия CodeIgniter 3.1.9
не совместима с PHP 5.6
На вашем сервере должна быть версия PHP 7.1 или 7.2 для CI 3.1.x
Для обновления CodeIgniter 2.2.6 до 3.1.x необходимо внести несколько изменений.Вы можете получить шаги по обновлению CI с здесь .
Если в ваших проектах не используется устаревшая функциональность CI, просто замените «системную» папку на последнюю версию CI.
Я предлагаю использовать в производстве последнюю версию CI.