Теоретическое преимущество * .ico-файлов заключается в том, что они являются контейнерами, в которых может храниться более одного значка. Например, вы можете сохранить изображение с альфа-каналом и 16-цветной версией для устаревших систем или добавить значки размером 32x32 и 48x48 (что должно увеличиваться при перетаскивании ссылки в проводник Windows).
Эта хорошая идея, однако, имеет тенденцию конфликтовать с реализациями браузера.