Я хочу иметь возможность указать путь к контенту во время выполнения
Я предполагаю, что это означает во время разрешения.Это должно работать из коробки, вам не нужно ничего смешивать.Просто зарегистрируйте свой тип без какого-либо другого вида, а затем во время разрешения переопределите параметр, который вы хотите
IUnityContainer uc = new UnityContainer();
uc.RegisterType<IFileSystem, FileSystem>();
uc.RegisterType<MyContentStore>();
var ms = uc.Resolve<MyContentStore>(new ParameterOverride("contentPath", "123"));
С другой стороны, если вы захотите указать аргумент при регистрации, это будет невозможнотак как вам нужно указать каждый аргумент.