Руководство PHPDocumentor содержит более 700 страниц в результате запуска PHPDoc под PHPDoc. Но я смотрел на это всего пару часов несколько месяцев назад. Код представляет собой экстремальное сочетание элементов токенизатора, смешанных с регулярными выражениями, что делает, например, невозможным для PHPDoc предоставить формальную грамматику BNF для своих строк документа.
Если это важно, вам следует подумать о написании собственного синтаксического анализатора PHP - по крайней мере, если немного узнать о построении компилятора. PHP - довольно простой язык.