Cygwin /data/sample/sample.txt
не понимается машиной Java, поскольку это программа для Windows.Вам нужно передать ему эквивалентный путь Windows.cygpath
может помочь вам перевести:
$ cygpath -w /data/sample/sample.txt
C:\cygwin64\data\sample\sample.txt
, поэтому
File f = new File("C:\cygwin64\data\sample\sample.txt")
при условии C:\cygwin64
, где находится ваша установка Cygwin