Проблема заключается в тесте ==
массива объектов с кортежем.
In [346]: d['coord']
Out[346]:
array([[(0, 0, 0), (1, 1, 1), (2, 2, 2), (3, 3, 3), (4, 4, 4), (5, 5, 5)],
[(6, 6, 6), (7, 7, 7), (8, 8, 8), (9, 9, 9), (10, 10, 10),
(11, 11, 11)],
[(12, 12, 12), (13, 13, 13), (14, 14, 14), (15, 15, 15),
(16, 16, 16), (17, 17, 17)]], dtype=object)
In [347]: d['coord']==(0, 0, 0)
/usr/local/bin/ipython3:1: DeprecationWarning: elementwise == comparison failed; this will raise an error in the future.
#!/usr/bin/python3
Out[347]: False
Решение состоит в том, чтобы сравнить один массив объектов с другим массивом объектов:
In [348]: x=np.array(None); x[()]=(0,0,0)
In [349]: x
Out[349]: array((0, 0, 0), dtype=object)
In [350]: d['coord']==x
Out[350]:
array([[ True, False, False, False, False, False],
[False, False, False, False, False, False],
[False, False, False, False, False, False]])