R *** перехватил segfault *** адрес 0x18, потому что память не отображена - PullRequest
Новая
       12

R *** перехватил segfault *** адрес 0x18, потому что память не отображена

0 голосов
/ 21 февраля 2019

Я запускаю конвейер, который использует R на терминале для запуска сценария:

R версия 3.5.2 (2018-12-20) Платформа: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-разрядная версия)Запуск под: MacOS Mojave 10.14.3

Я вдруг получаю эту ошибку.Я проверил ошибки других пользователей и попытался удалить и установить пакеты, используя

ip <- instal.packages () pkgs.to.remove <- ip [! (Ip [, "Priority"]% в% c («базовый», «рекомендуемый»)), 1] sapply (pkgs.to.remove, remove.packages) </p>

, но он не работает, и у меня по-прежнему та же ошибка,Не могли бы вы помочь мне, пытаясь угадать, как я могу это исправить?

большое спасибо

EC 

 *** caught segfault ***
address 0x18, cause 'memory not mapped'

Traceback:

 1: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)

 2: library.dynam(lib, package, package.lib)

 3: loadNamespace(package, lib.loc)

 4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)

 5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])

 6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)

 7: tryCatch({    attr(package, "LibPath") <- which.lib.loc    ns <- loadNamespace(package, lib.loc)    env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)}, error = function(e) {    P <- if (!is.null(cc <- conditionCall(e)))         paste(" in", deparse(cc)[1L])    else ""    msg <- gettextf("package or namespace load failed for %s%s:\n %s",         sQuote(package), P, conditionMessage(e))    if (logical.return)         message(paste("Error:", msg), domain = NA)    else stop(msg, call. = FALSE, domain = NA)})

8: library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc,     quietly = quietly)

 9: .getRequiredPackages2(pkgInfo, quietly = quietly)

10: library(DESeq2)

11: withCallingHandlers(expr, packageStartupMessage = function(c) invokeRestart("muffleMessage"))

12: suppressPackageStartupMessages({    library(DESeq2)})

An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...

'Rscript /Users/user1/samsa2/R_scripts/run_DESeq_stats.R -I /Volumes/ECG_WORK/JC150_T0/results/step_5_output/RefSeq_results/org_results -O RefSeq_org_DESeq_results.tab -R /Volumes/ECG_WORK/JC150_T0/results/step_2_output/raw_counts.txt' exited with non-zero status 139
...