Ошибка libxml-2.0 не найдена при установке ggiraph - PullRequest
Новая
       31

Ошибка libxml-2.0 не найдена при установке ggiraph

0 голосов
/ 17 декабря 2018

При попытке установить пакет R ggiraph на моем Mac OS XI возникла проблема с зависимостью xml2.

Это, кажется, довольно распространенная проблема для пользователей этого и других пакетов, поэтому после прочтения тем здесь и в других местах я подтвердил следующее:

  • RStudio, R и все его пакетыдата окончания
  • libxml2 установлен в developer версии, с использованием homebrew
  • Я скопировал libxml-2.0.pc из папки homebrew в / usr / local / lib /pkgconfig /
  • Я добавил / usr / local / lib / pkgconfig / в PATH и PKG_CONFIG_PATH

Я все еще получаю следующее сообщение об ошибке во время установки.Благодарен за помощь! 

> install.packages("ggiraph")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.5/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘xml2’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/xml2_1.2.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 251614 bytes (245 KB)
==================================================
downloaded 245 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/ggiraph_0.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 208710 bytes (203 KB)
==================================================
downloaded 203 KB

* installing *source* package ‘xml2’ ...
** package ‘xml2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/libxml2
Using PKG_LIBS=-L/usr/lib -lxml2 -lz -lpthread -licucore -lm
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
 * deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘xml2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.5/site-library/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘xml2’ is not available for package ‘ggiraph’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.5/site-library/ggiraph’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ggiraph’ had non-zero exit status

1 Ответ

0 голосов
/ 31 мая 2019

Это повторяющаяся проблема у меня на macOS с Homebrew и libxml2.includes libxml2 находится в подкаталоге /path/to/includes/libxml2/libxml/, который не может быть найден компиляторами.

Я успешно установил xml2 в R, выполнив две вещи:

  1. Создайте символическую ссылку [...]/include/libxml, указывающую на [...]/include/libxml2/libxml
  2. Добавьте путь включаемой папки к INCLUDE_DIR

Выполните пункт 1 в терминале.Хотя filepath может отличаться в вашей установке, команда shell на моем mac была: 

Bash > ln -s /usr/local/Cellar/libxml2/2.9.9_2/include/libxml2/libxml /usr/local/Cellar/libxml2/2.9.9_2/include/libxml`

Выполнить пункт 2 в R-терминале RStudio.Команда на моем Mac была: 

R > Sys.setenv(INCLUDE_DIR = paste("/usr/local/Cellar/libxml2/2.9.9_2/include", Sys.getenv("INCLUDE_DIR"), sep = ":"))`

Затем установите xml2 и в конечном итоге ggiraph: 

R > install.packages(c("xml2", "ggiraph"))
...