gDEBugger от Graphic Remedy - лучший инструмент отладки OpenGL, он позволит вам просматривать геометрию на разных этапах рендеринга, а также множество других вещей. Чего он не сделает, так это позволит вам просматривать специфичные для приложения структуры, такие как (как сказал genpfault) графы сцен, деревья рендеринга и пространственное разбиение.
Однако во многих случаях вы можете экстраполировать информацию из вызовов OpenGL.
О, и если у вас есть карта nVidia, не забывайте о NVPerfKit, который позволяет вам в реальном времени контролировать сцены.