Установка аргументов "tpow" и "expcost" в TraMineR :: seqdist

Question

Я на самом деле работаю над путями стационарных больных во время их пребывания в больнице.Эти пути представлены в виде последовательностей состояний (текущая медицинская единица на каждую единицу времени), и я пытаюсь найти типичные пути с помощью алгоритмов кластеризации.

Я создаю матрицу расстояний с помощью функции seqdist изР пакет TraMineR, по методике "OMspell".Я уже прочитал документацию R и соответствующие статьи, но не могу найти, как установить аргументы tpow и expcost.

Поскольку единица времени - час, я нехотите, чтобы какая-то небольшая разница в продолжительности оказала большое влияние на результат кластеризации (в отличие от передачи медицинского подразделения, например).Но я не хочу, чтобы длительность не оказала никакого влияния ...

Кроме того, есть ли правильный способ выбрать их значение?Или я просто продолжаю нащупывать хорошую конфигурацию?(Я использую критерии Dunn, Davies-Bouldin и Silhouette для сравнения результатов иерархической кластеризации, помимо медицинского заключения о полученных кластерах)

Answer 1

Параметр tpow - это экспоненциальный коэффициент, применяемый для преобразования фактической длины заклинаний (длительностей).Значением по умолчанию является 1, для которого длина заклинаний принимается как есть.С tpow=0 вы просто игнорируете длительность заклинаний, а с tpow=0.5 вы рассматриваете квадратный корень из длины заклинаний.

Параметр expcost - это стоимость расширения, то есть стоимость расширения(преобразованная) длина заклинания на одну единицу.Другими словами, когда при редактировании одной последовательности в другую заклинание длиной t1 должно быть расширено до длины t2, это будет стоить expcost * |t2^tpow - t1^tpow|.С expcost=0 заклинаниями в одном и том же состоянии (например, AA и AAAAA) будет эквивалентно независимо от их длины.

С tpow=.5, например, увеличение длины заклинания с 1 до 2 стоит больше, чем увеличение заклинаниядлина формы от 3 до 4. Если вы не хотите придавать большое значение небольшим различиям в длине заклинаний, используйте низкий expcost.Однако обратите внимание, что expcost применяется к преобразованным длинам заклинаний, и вы можете изменить его при изменении значения tpow.