До тех пор, пока вы не находитесь внутри среды, т.е. среда активирована, вы будете иметь доступ ко всем пакетам, установленным в среде conda.Запустите файл python внутри среды.Не требуется помещать ваш проект в среду.
Перейдите в каталог вашего проекта, затем откройте терминал или откройте терминал в VSCode, затем введите эту команду
conda activate myenv1
Если среда активирована,он будет показан в левой части вашего приглашения bash, как
(myenv1) username: /path/to/project $
Затем,
python my_script.py