Я хочу создать шлюз приложений с двумя виртуальными машинами внутри одной группы ресурсов и использовать другую группу ресурсов для сетевых компонентов
Как вы обычно делаете, просто укажите подсеть в этой виртуальной сети?
resourceId('resource_group_name', 'Microsoft.Network/virtualNetworks/subnets', parameters('virtualNetworkName'), parameters('subnetName'))
Ссылка: https://github.com/Azure/azure-quickstart-templates/blob/master/101-application-gateway-create/azuredeploy.json#L118 https://github.com/Azure/azure-quickstart-templates/blob/master/101-application-gateway-create/azuredeploy.json#L171