По сути, привязка команды к определенному контексту проста, просто наследуйте от этого контекста:
from waflib.Build import CleanContext
class my_dummy_tmp_class_name(CleanContext):
cmd = "clean_sphinx"
fun = "my_sphinx_clean_function"
Вы можете взглянуть на waf book §7.2.2 : Конфигурационные наборы для вариантов.В нем объясняется, как добавлять команды вариантов во все контексты.